En la segona meitat del segle XIX, Llucmaçanes tenia un petit oratori dedicat a Sant Gaietà gràcies a un particular, Ángel García Gahona, un mallorquí resident a la localitat.

Amb la visita pastoral del bisbe de l'illa, Manuel Mercader y Arroyo, el 26 de febrer de 1876, un any després va manà construir una capella de forma provisional a rel d'una nova reorganització parroquial, fins que de manera particular, el comentat bisbe va pagar el valor del terreny per 500 pts, on avui trobem el temple.

Les obres de l'actual església van començar en el 1883. Dos anys més tard, concretament el 8 de març de 1885, es van invertir 7500 pts, les quals van ser fruit de donacions a càrrec del rector de Santa Maria de Maó, D. Juan Morillo i alguns veïns de la localitat. Al no tenir prou financiació, el bisbat va posar les quantitats restants fins acabar definitivament les obres, que, una vegada acabades, el comentat bisbe va regalar la imatge de Sant Gaietà, el qual des de llavors es el patró del poble. El rector de la parròquia del Rosari des Castell, va regalar la taula de l'altar.

Els plans van ser traçats per Camilo Mir y Febrer, construint el temple seguint un estil neo-gòtic.